Trong 1 tác phẩm phóng theo Kim Dung thì Hoàng Dược Sư là đệ tử của phái Thanh Hải dưới sự dẫn dắt của sư phụ Triệu Bất Phàm. Hoàng Dược Sư và con gái của sư phụ yêu nhau nhưng vì sư phụ kiên quyết ngăn cản, cô gái đã tự vẫn. Hoàng Dược Sư mang mối hận thù trong lòng và rời khỏi phái, quyết tâm tập luyện võ nghệ. Ít năm sau, khi võ nghệ đã tiến triển vượt bậc, Hoàng Dược Sư quay lại tìm phái Thanh Hải để trả thù nhưng Triệu Bất Phàm đã kịp chạy sang Thiết Chưởng bang cầu cứu trưởng môn Thượng Quan Kiếm Nam và Cừu Thiên Nhận. Trong một lần đến Thiết Chưởng bang để bắt Triệu Bất Phàm, Hoàng Dược Sư đã đánh nhau với Thượng Quan Nam kịch liệt nhưng không giết nổi, lại bị thương nên phải bỏ về. Thượng Quan Nam cũng bị trọng thương, nguy hiểm đến tính mạng, song kiên quyết giữ chữ tín, không giao Triệu Bất Phàm. Điều này trái với ý của Cừu Thiên Nhận, một kẻ tâm địa ác độc, tham sống sợ chết. Lợi dụng lúc Thượng Quan Nam đang bị thương, Cừu Thiên Nhận đã giết chết ông, đoạt chức chưởng môn, đồng thời đổ tội lên đầu Hoàng Dược Sư là hung thủ. Sau đó, để tránh bị Hoàng Dược Sư lấy mạng, Cừu Thiên Nhận đã giao Triệu Bất Phàm cho Hoàng Dược Sư để mong được tha mạng. Sau khi giết Triệu Bất Phàm để trả thù cho người tình xưa, Hoàng Dược Sư cấm không cho các đệ tử còn lại của phái Thanh Hải sử dụng võ công của phái, Thanh Hải phái tại đây thất truyền.

Cũng trong 1 tác phẩm kiếm hiệp khác cũng dựa theo truyện của Kim Dung là Võ lâm ngũ bá nói về lần Hoa Sơn luận kiếm thứ nhất, Hoàng Dược Sư có tên thật là Hoàng Cố, là đệ tử của 1 nhà sư tên Chu Đồng. Chu Đồng tương truyền cũng là sư phụ của danh tướng Trung Hoa Nhạc Phi, 2 anh hùng trong tiểu thuyết Thủy Hử là Lư Tuấn Nghĩa và Lâm Xung và Huy Cưa Bắc.

Trong Anh hùng xạ điêu của chính Kim Dung thì Kim Dung có nói rằng ông nội của Hoàng Dược Sư là 1 mệnh quan dưới triều Tống Cao Tông. Ông nhiều lần kiến nghị về sự vô tội của Nhạc Phi. Vì thế ông bị giáng cấp, nhưng ông vẫn tiếp tục kiến nghị và kêu gọi mọi người cùng nhau bảo vệ Nhạc Phi. Cuối cùng ông bị bắt và bị xử trảm vì tội khích động dân chúng làm loạn. Gia đình ông bị đày đến Vân Nam. Hoàng Dược Sư lớn lên ở đó. Hoàng Dược Sư học cả văn và võ. Văn thì học dưới sự dạy dỗ của cha, còn võ thì không thấy đề cập học từ ai. Khi lớn lên, lão cho rằng gia đình mình đã sai và thường tranh cãi với cha về cái gọi là trung hiếu với hoàng thượng. Trái với ước muốn của cha, Hoàng Dược Sư không tham dự 1 cuộc thi ở tỉnh và sau đó cha của lão đã quyết định từ con. Hoàng Dược Sư lang bạt khắp nới từ đó, lão thường viết những bài thơ, đoạn văn nổi loạn lên tường của các trường học. Triều đình cử nhiều người đi bắt Hoàng Dược Sư nhưng vô ích. Lão được người đời gọi là anh hùng tà giáo, sau đó dần trở thành Ðông Tà và cũng là chủ nhân của hoang đảo Đào Hoa. Sau lần Hoa Sơn luận kiếm thứ nhất, Hoàng Dược Sư được xếp vào Thiên hạ ngũ tuyệt (bên cạnh Trung Thần Thông Vương Trùng Dương, Nam Đế Đoàn Trí Hưng, Tây Độc Âu Dương Phong và Bắc Cái Hồng Thất Công), danh xưng là Đông Tà. Tiếp đến, Hoàng Dược Sư nhận 6 đệ tử là Khúc Linh Phong, Lục Thừa Phong, Trần Huyền Phong, Mai Siêu Phong, Vũ Thiên Phong và Phùng Mạc Phong. Ông lại lấy nữ sĩ Phùng Hằng làm vợ, sinh ra Hoàng Dung. Phùng Hằng không biết võ công nhưng lại có một trí nhớ siêu việt. Ngay sau đó, Phùng Thị vì quá lao lực viết lại Cửu Âm chân kinh (bà đã dùng mưu kế để mượn từ tay Chu Bá Thông và học thuộc lòng toàn bộ ngay tại chỗ), lại thêm sinh nở khó khăn nên qua đời. Tiếp đó lại xảy ra chuyện Trần Huyền Phong và Mai Siêu Phong lấy cắp quyển hạ Cửu Âm chân kinh trốn đi. Hai sự việc này khiến Hoàng Dược Sư bị chấn động mạnh về tâm lý. Ông đánh gãy chân những đệ tử còn lại, đuổi ra khỏi đảo, lại nhốt Chu Bá Thông trên đảo Đào Hoa. Từ đó, Hoàng Dược Sư một mình nuôi con.